رفض المسيحيين تأليه الإمبراطور الروماني وعبادته كما رفضوا الخدمة في الجيش الروماني ، ولذلك نظرت الحكومة الرومانية إلى المسيحيين على أنهم فرقة هدامة تهدد أوضاع الإمبراطورية وكيانها ، بل وسلامتها.
بدأ اضطهاد الدولة الرومانية الرسمي للمسيحيين في عام 64م على يد الإمبراطور نيرون وحتى عام وفاته 68م بتحريض من زوجته بوبياسبينا وعرف هذا الاضطهاد بالاضطهاد الأول ، أما الاضطهاد الثاني فقد تم بين عامي 95 – 96م زمن الإمبراطور دوميتيان[4] في عصر نيرون كثرت المؤامرات والإغتيالات السياسية التى كان له يد في تدبيرها وكانت أمه "أجريبينا" إحدى ضحاياه وماتت وهى تلعن جنينها نيرون التى حملته في بطنها وأبلت به العالم، ومن ضحاياه أيضاً "أوكتافيا" زوجته الأولى وقد قام بقتلها أثناء أدائه مسرحيه يحمل فيها صولجان فسقط من يده. مدحت أوكتافيا أدائه لكنها قالت له "لو أنك لم تسقط الصولجان فقتلها". ومن بعدها لم يتجرأ أحد من العاملين في قصره أن يعيب أي عمل له، وأيضاً قتل معلمه سينيكا، أما أشهر جرائمه على الإطلاق كان حريق روما الشهير سنة 64 م حيث راوده خياله في أن يعيد بناء روما، وبدأت النيران من القاعدة الخشبية للسيرك الكبير حيث شبت فيها النيران وأنتشرت بشدة لمدة أسبوع في أنحاء روما، وألتهمت النيران عشرة أحياء من جملة أنحاء المدينة الأربعة عشر، وبينما كانت النيران تتصاعد والأجساد تحترق وفى وسط صراخ الضحايا كان نيرون جالساً في برج مرتفع يتسلى بمنظر الحريق مع زوجته اليهوديه الذى خلب لبه وبيده آلة الطرب يغنى أشعار هوميروس التى يصف فيها حريق طروادة.
وهلك في هذا الحريق آلالاف من سكان روما وأتجهت أصابع اتهام الشعب والسياسين تشير إليه إلى أنه هو المتسبب في هذا الحريق المتعمد، وتهامس أهل روما بالأقاويل عليه وتعالت كلماتهم وتزايدت كرهية الشعب نحوه، وكان لا بد له من كبش فداء أمام شعبه أما اليهود أو المسيحية الحديثة في روما، ولكنه رغم قناعته بأن زوجته اليهوديه ومن وراءها كانوا المحرضون على حريق روما إلا أنه اختار المسيحيه ككبش فدء لجريمته إحدى فألصق التهمة بالمسيحيين، وبدأ يلهى الشعب في القبض على المسيحيين وإضطهادهم وسفك دمائهم بتقديمهم للوحوش الكاسرة أو حرقهم بالنيران أمام أهل روما في الستاديوم وفى جميع أنحاء الإمبراطورية حتى أن مؤهلات الولاة الذين كانوا يتولون الأقاليم هو مدى قسوتهم في قتل المسيحيين، وسيق أفواج من المسيحيين لإشباع رغبة الجماهير في رؤية الدماء، وعاش المسيحيين في سراديب تحت الأرض وفى الكهوف ومازالت كنائسهم وأمواتهم إلى الآن يزورها السياح.
وأستمر الإضطهاد الدموى أربع سنوات ذاق خلالها المسيحيون كل مايتبادر إلى الذهن من أصناف التعذيب الوحشى، وكان من ضحاياه الرسولان بولس و بطرس اللذان أستشهدا عام 68م. ولما سادت الإمبراطورية الرومانية الفوضى والجريمة أعلنه مجلس الشيوخ السنات أنه أصبح "عدو الشعب" فمات منتحراً في عام 68 م مخلفاً وراؤه حالة من الإفلاس نتيجة بذخه الشديد والفوضى من كثرة الحروب الأهلية أثناء حكمه ونيرون هو القيصر الذى أشار إليه سفر الأعمال في (أعمال 25 : 28) و (أعمال 26: 32) ولم ينته إضطهاد المسيحيين بموته وفى 68 م في نفس هذه السنة الذى قتل فيه الوثنيين في مصر مرقس الرسول قتل أيضا نفسهً نيرون إمبراطور روما بطعنة خنجر.
خلال القرنين الثاني والثالث تأصلت المسيحية بعمق في القسم الشرقي من الإمبراطورية، لا بل انتشرت إلى حدّ ما خارج تخومها . واستمرت الكنائس الثلاث إنطاكية وروما والإسكندرية في تطورها وتنظيمها ولكنها تعرضت في هذين القرنين إلى ما لا يقل عن ثمانية اضطهادات كبرى بحيث أخذ اضطهاد المسيحيين شكلاً مزمناً نظير حمّى بطيئة تخف تارة وتشتّد أخرى .
كان تراجان هو أول إمبراطور أعلن أن المسيحية ديانة محرمة ، ولكي يضع حدا لانتشار المسيحية ، حكم على كثيرين منهم بالموت ، وأرسل بعضا آخر إلى المحكمة الإمبراطورية بروما.
[عدل] الاضطهاد العظيم
في نهاية الثالث وبداية القرن الرابع. اضطهادهم ، والاضطهاد الكبير الذي يعتبر أكبر. مع بداية سلسلة من اربعة مراسيم حظر الممارسات المسيحيه ويأمر بسجن رجال الدين المسيحي ، شهد القرن الثالث صورا أخرى من أبشع ألوان التعذيب والاضطهاد للمسيحيين ، وذلك في عهد الإمبراطور دقلديانوس ، الذي أمر بهدم الكنائس وإعدام كتبها المقدسة ، وأمر بإلقاء القبض على الكهان ، وسائر رجال الدين ، فامتلأت السجون بالمسيحيين، واستشهد الكثيرين بعد أم مزقت أجسادهم بالسياط والمخالب الحديدية ، والنشر بالمناشير ، والتمشيط بين اللحم والعظم ، والإحراق بالنار ، وقد سمي عصره باسم " عصر الشهداء "